組織結構會嚴重影響其轉向新信息或轉變市場需求的能力。下面列出了主要特征：

?地理。地理分散的項目組織可能會在各種項目中發現阻礙工作進展的一些挑戰。項目領導和區域經理可能持有不同或相反的目標。此外，文化差異、語言障礙和低可視化可能會降低工作效率。幸運得是，采用敏捷方法可以鼓勵更好的協作并提高信心。在這些環境下，項目領導應鼓勵團隊和管理層對話，定制該環境所需的技術并管理對工作需求的期望。

?職能結構。有些組織按照高度項目型、矩陣型或高度職能型的方式構建。具有高度職能結構的項目可能會在組織內部協作方面遇到很大阻力。

?項目可交付成果的大小。縮小項目可交付成果將會激勵部門之間更頻繁的交流，由此帶來更頻繁的交互以及組織內部更快速的價值流動。

?項目人員分配。另一種方法是在各個部門中抽出一個人，將其臨時完全分配到最高優先級項目。

?重采購型組織。有些組織選擇主要通過供應商實施項目。盡管項目目標可能非常明確，供應商也有責任監管自己的財務狀況。但是供應商完成其義務并退出合約后，相關項目知識也將隨之帶走。這就會限制持續靈活性和速度所需的內部能力。如果在供應商還參與時采用敏捷技術(例如回顧和跟蹤可能改進的領域)，則可幫助緩解產品知識缺失情況。