軟考信息系統運行管理員兩個科目的滿分均為75分，合格標準為滿分的60%，也就是說軟考信息系統運行管理員兩個科目都要考45分及以上才算過。

根據人力資源社會保障部辦公廳發布的《關于33項專業技術人員職業資格考試實行相對固定合格標準有關事項的通告》，自2022年度起，計算機軟考考試各級別、各專業、各科目合格標準為試卷滿分的60%。軟考信息系統運行管理員兩個科目滿分均為75分，即45分算及格。

軟考信息系統運行管理員成績只在當次有效，單科成績不予保留。如果在一次考試中只有單科成績及格的，成績不能保留到下次考試時使用，考生需要在一次考試中通過全部科目才算通過考試。

若考生對考試成績有異議，應在成績公布后的規定時間內申請成績復查，逾期不予受理。

申請成績復查的考生應在規定時間內填寫《成績復查申請表》，其中寫明要求復查的理由。并將親簽的《成績復查申請表》、身份證掃描成PDF格式（PDF文件名需為考生姓名+身份證號命名），提交至當地省軟考辦的指定賬戶。省軟考辦將對申請材料進行審核，審核通過后，考生將《成績復查申請表》原件、身份證復印件遞交（或快遞）至省軟考辦。省軟考辦統一匯總至工業和信息化部教育與考試中心復查。

另外軟考信息系統運行管理員還有單獨劃線一說，在實行軟考單獨劃線地區，低于45分也能拿到證書。單獨劃線需要主動申請，待申請結束后經研究發布單獨劃線地區合格標準。單獨劃線地區范圍：國家鄉村振興重點幫扶縣、西藏自治區、四省涉藏州縣、新疆維吾爾自治區南疆四地州、甘肅臨夏州、四川涼山州、樂山市峨邊縣、馬邊縣及金口河區。

此外有些省份為了適應本地區的情況，還會設定省級分數線。目前僅有青海還有省線，通過省線取得的軟考證書僅能在省內使用。