隨著信息技術的發展，電子證書的應用逐漸普及。不同省份對電子證書注冊的規定存在差異。部分省份已經明確發文表示，電子證書與紙質證書具有同等效力，在這些地區，執業藥師可以憑借電子證書直接申請注冊，無需等待紙質證書的發放。

截至目前，全國已有超過20個地區實現了全程網上辦理證書注冊，包括北京、天津、上海、江蘇、山東、江西、安徽、廣東、海南、遼寧、吉林、山西、福建、河北、河南、湖北、湖南、重慶、云南、陜西、甘肅、寧夏和內蒙古等地。以廣東省為例，自2024年5月13日起，廣東省正式上線運行《執業藥師注冊證》電子證照應用服務。執業藥師在注冊許可申請獲得審批通過后的5個工作日內，可以通過省藥品監督管理局門戶網站的企業專屬網頁，在“執業藥師電子證照”模塊中查看、下載并打印執業藥師注冊證信息。

然而，在一些尚未明確規定電子證書效力的省份，查詢驗證獲得的電子證書僅作為考試或取得執業資格的證明。這些地區的考生需要等待紙質證書下發后才能進行注冊。無論是否使用電子證書，所有通過執業藥師考試全科且考后審核無誤的考生都可以查到自己的電子證書，并最終獲得紙質版證書。待人社部下發證書后，各省人事考試網會發布證書領取通知，部分地區還提供證書郵寄服務。

執業藥師電子證書注冊需滿足以下條件：首先，考生必須通過執業藥師考試全科且考后審核無誤；其次，具備《執業藥師資格證書》；再次，需遵紀守法，遵守職業道德；身體健康，能夠堅持在執業藥師崗位工作；最后，須經執業單位同意，并按規定參加繼續教育學習。此外，有下列情形之一的，藥品監督管理部門將不予注冊：不具有完全民事行為能力；甲類、乙類傳染病傳染期或精神疾病發病期等健康狀況不適宜或不能勝任相應業務工作的；受到刑事處罰，自刑罰執行完畢之日起不滿三年的；未按規定完成繼續教育學習的；近三年內有新增不良信息記錄的；以及國家規定不宜從事執業藥師業務的其他情形。

執業藥師注冊內容涵蓋執業類別、執業范圍和執業地區三個方面。執業類別分為藥學、中藥學和藥學與中藥學三類；執業范圍包括藥品生產、經營和使用單位；執業地區為省、自治區、直轄市。執業藥師注冊方式主要有兩種：“網上全程辦理”和“網上申報，窗口受理”。